الأمانة العامة
تضطلع بالجوانب التخطيطية والإدارية والتنفيذية لنشاط المنظمة، وفقاً للوائح وتوجيهات المجلس. ويتولى إدارة الأمانة العامة أمين عام (وقد يعاونه أمناء مساعدون حسب النظام الأساسي للمنظمة لا يتجاوز عددهم ثلاثة). يعين الأمين العام بقرار من المجلس الوزاري للمنظمة لفترة ثلاث سنوات قابلة للتجديد لمدد أخرى. والأمين العام هو الناطق الرسمي باسم المنظمة، والممثل القانوني لها، وهو المسؤول عن مباشرة واجبات منصبه أمام المجلس. ويقوم الأمين العام بإدارة الأمانة العامة وتوجيهها، والإشراف الفعلي على كافة أوجه نشاطاتها، وتنفيذ ما يعهد به المجلس إليه من مهام. ويمارس الأمين العام وكافة موظفي الأمانة العامة وظائفهم باستقلال تام وللصالح المشترك للدول الأعضاء. ويتمتع الأمين العام والأمناء المساعدون في أقاليم الدول الأعضاء بكافة الحصانات والامتيازات الدبلوماسية.
تتكون الأمانة العامة من مكتب الأمين العام، والمركز العربي لدراسات الطاقة الذي يتكون من إدارتين هما: إدارة الشؤون الفنية والإدارة الاقتصادية، كما يشتمل الهيكل التنظيمي على إدارة الإعلام والمكتبة، وإدارة الشؤون المالية والإدارية، وتتولى هذه الإدارات الأربع تنفيذ المهام المناطة بالإمانة العامة وفق اختصاصات كل إدارة.